Si tienes un Zalman no creo que debas preocuparte en exceso de la temperatura del micro. Es más: dependiendo de la caja que tengas, el que no lleve el plástico y abarque una zona mayor hará que se refrigeren mejor otros componentes como las memorias, NB, SB... y si tienes un ventilador frontal, ese plástico no deja de estar "en tol medio".
Vaya, igual me equivoco, pero yo también estuve un tiempo con un cacharrete de esos puesto en mi X-Blade (aún sin el Zalman) y la temperatura del resto de componentes era un pelín más elevada.
Un saludo!
EDITO: Yo tenía el ventilador + el plástico. No creo que tengas muchos problemas para ponerlo así (si quieres, claro) con unos tornillos largos, pero entre un plástico sin ventilador y un ventilador, el ventilador gana de cabeza. Si quieres más aire, mete alguno con más caudal (y posiblemente más ruido, salvo excepciones).