@DANIELONi Hola sobre tu pregunta, para mí Pop Fe es el conversor definitivo en especial para juegos que tienen audio tracks (los redump que vienen el .cue y varios track01-02.bin..), si algún juego solo es un bin cue sin tracks de audio o solo un track02.bin ligero considero que no vale la pena volver a convertirlos con Pop Fe si ya funcionaban correctamente con PSX2PSP.
Sobre el método de cambio region e ID sigue siendo válido y funciona muy bien, para no tener el problema de los saves repetidos se hace el truco de hacer el eboot multidisco con la segunda imagen un archivo de texto de 0 bytes renombrado a .img, los usuarios que hicieron las configuraciones individuales me comentaron que la solución de cambio de región y Game ID a veces mueve varias cosas en el emu algunas que corrigen los problemas pero otros parámetros no son necesarios pero si ya te funciona bien así depende de ti decidir si lo quieres reconvertir con Pop Fe, si lo haces ya no hay saves repetidos porque ahora si utiliza la Game ID propia del juego sin ningun problema, también varios juegos se solucionan con Game ID típicas como SLPS 01222 del Resident Evil japo por ejemplo, pero existen casos donde buscaron un monton de Game IDs y con ninguna quedaban ciertos juegos por ejemplo Bugs Bunny Lost in Time, Sled Storm, Digimon Rumble Arena, etc, entonces en estos casos la configuracion se busco una especifica parámetro por parámetro hasta que funcione lo mejor posible entonces estos juegos solo van bien en Vita con la configuración de Pop Fe.
Otro punto los juegos que no se podía cambiar de disco in Game como Driver 2, A Sangre Fría, etc, existe un comando que soluciona esto, también en algunos casos como el mod PSN (cambio de región e ID) de juegos PAL a región JP por ejemplo Dragon Valor por alguna razón provoca que el juego se coma líneas verticales en pantalla, con los configs por lo general se ven perfectos, aunque me encontré con el Tombi 1 que con config también se come líneas en pantalla, esto se lo puedo comentar a los compis de GBA temp, tal vez tengan una solución.
Igual juegos protegidos libcrypt como dije en psx2psp tienen que estar preparcheados y esos parches antiguos tienen los molestos trainers, encontré parches limpios y perfectos en una página rusa en algún hilo lo comenté pero con Pop Fe es más sencillo a los juegos protegidos solo utiliza el redump limpio y automáticamente inyecta el sbi durante la conversión, ya no hay trainers ni problemas por el parche como Ape Escape en español que se colgaba con el parche de Paradox.
En conclusión tomando en cuenta estos factores depende de ti decidir caso por caso si vale la pena reconvertir con Pop Fe y si obtienes alguna mejora con ello.
Sobre retroarch yo hace unos 2 meses instale la última versión estable que termina en .16 y me fue fatal, como utilizo el menú ozone debo de reconocer que se veía bien y agregaron un montón de nuevos iconos pero mover todo eso como que saturaba la CPU de Vita sobretodo en el menú y obtuve varios GPU Crash, una versión donde rara vez he tenido este problema es la estable que termina en .15, ah y en la .16 como comentas si un core crashea ya no puedes ejecutar retroarch tienes que borrar el archivo Salamander que se crea en la carpeta de data retroarch lo cual es muy tedioso.
En conclusión te recomiendo la estable que termina en .15, solo el core Dosbox Pure, uae4arm y Hatari están rotos, yo tengo versiones donde cambias el .elf y .info en la carpeta de la app y se soluciona.
Sabías que para Neo Geo CD también se puede cargar utilizando el core FB Neo?, solo tienes que tener la imagen del juego en formato bin cue y cargar el cue, tiene mejor rendimiento que el core Neo CD, si lo cargas con FB Neo no actives cyclone en opciones del core o crashea en juegos de Neo Geo CD. El core FB Neo también requiere BIOS de Neo Geo CD, existe un readme del core en una página de github o libretro que te indica cuáles BIOS necesitas y dónde ponerlas para ese core.
Saludos si tienes más dudas pregunta.