Bueno, al final creo que he conseguido programarlo. Así que me autorrespondo por si alguien tiene el mismo problema. He conseguido que el Win Me me detectara el usb instalando estos drivers del VIA (yo tengo VIA Tech 3038 PCI to USB controller):
[url=http://]http://www.viaarena.com/?PageID=298[/url]
descargais el USB Filter Patch, lo instalais y os lo reconocerá. Supongo que es válido para Win 98 y Me. El problema del USB no está tanto en la placa base como en el XP, con 98 o Me y los drivers USB actualizados debe funcionar.
Saludos