Pandereta tienes que parchear los juegos nuevamente, pero usando el software de la version correspondiente, es decir el software de la version SD y miniSD, luego verifica el nombre del archivo .nds.dsq y el archivo .sav.dsq, entonces usas el save que tienes de ese mismo juego y nombralo tal cual te quedo el nuevo save y usas ese con el archivo .nds.dsq creado, si el tamaño del save de los 2 archivos .sav.dsq son iguales no deberias tener problemas para cargarlos, intenta esto, sino funciona entonces me temo que tendras que empezar desde el principio usando los archivos de salvado que crea el nuevo soft de tu version SD.
Suerte y Saludos.