Actualizando a 4.2 o 4.3 lo unico que se pierde es la carga de juegos de otras regiones desde canal disco (con softmods o gecko OS se cargan sin problemas). NADA MAS.
Por otra parte, hay muchos tutoriales y al menos 20 posts mios sobre como actualizar a 4.3 sin perder nada y sobre como meter TODO el homebrew en 4.3. Por favor, usen la búsqueda para más info.
En pocas palabras, actualizar HBC, cIOS y actualizar de forma oficial a 4.3. Después parchear los IOS 36 y 80 y listo. Como siempre, antes y despues del proceso es recomendable instalar Bootmii y hacer copia de la NAND.