Hola, a mi me paso lo mismo, queria formatear el hdd y queria guardar las partidas en un pendrive antes de nada, pero algunas como la del burst limit, ninja gaiden, dmc4,... no me dejaban y tambien la idea de tener que volver a configurarla tampoco me gustaba mucho, al final opte por hacer una copia de seguridad del sistema, que te hace un fichero que contiene una copia de todo lo que tienes en el disco duro, formatee y acontinuacion restaure y mi sorpresa fue que las partidas que no podia copiar seguian estando todas. Eso si, la unica pega de este proceso es que tarda unos 35 minutos en hacerte la copia de seguridad, unas 3-4 horas en formatear y otros 35 minutos en restaurar, pero vale la pena porque te deja el hdd como nuevo.
Ademas si lo que quieres hacer es cambiar de disco duro por uno con mayor capacidad tambien sirve, con hacer la copia de seguridad, pinchar el nuevo disco, formatearlo desde la ps3 y despues restaurar con la copia que has hecho ya lo tienes todo perfecto.
Suerte, saludos.