A mi con dongle en 3.41 me iba, de hecho me lo pasé así. Luego volví a jugarlo en 3.55 para darle caña online y lo mismo, me iba perfecto.
Luego, otra cosa, el AC:B no necesita ni Eboot modificado ni modificar el Param.sfo, simplemente poner el manager con "Patch 3.41" (esto supongo que ya lo sabrás, pero "pa por si...")
Si a mi con dongle me iba, supongo que tu estás en CFW 3.41, asíque como ya te ha dicho el compi, yo que tu subiría a 3.55 Wanin v2 o Kmeaw y te ahorras de problemas.
Pero todo parece indicar que es por la actualización, la verdad. (Hablo sin una seguridad 100%, ya que es lo único que te falta de los tutoriales que hay, poner el .pkg de la actualización)