A mí sí que me ha pasado con algunos juegos. Pero vamos, que también pasa con el puerto del segundo jugador, que en muchísimos casos no funciona para nada.
Me imagino que en algunos juegos para un solo jugador dejarían inoperativo también el slot 2 de la MC, sin necesidad de hacer nada, sino simplemente no usarlo, al igual que no usaban el mando 2.