Supongo que el hecho de que el Mupen se base en opengl lo hará más fácil de portar. Además, el project64 1.4 ya está "desfasado", es mejor protar un emulador que irá avanzado, pues después añadir las mejoras nuevas no costará mucho pues tendrás que modificar solo las lineas nuevas.
Además, el mupen es un muy buen emulador que funciona a la perfeción con todos los juegos (al menos no me ha dado problemas nunca), y tiene un fork, el Mupen64Plus que está avanzando mucho.