A ver, en principio la actualización del loader del flash cart es como te han comentado en el otro post, metes los dos archivos en la raiz, y cuando te metes en el modo GBA y salen las letras verdes al principio pulsas A+B+SELECT+START. Al hacerlo un mensaje te indica si quieres realizar el proceso o si no deseas hacerlo, simplemente con darle al YES con la A deberia comenzar el proceso de actualización, creo si no recuerdo mal, que tiene un contador que va desde el 0 hasta el 22.
El problema de los saves que mucha gente está teniendo no es por la versión del loader en si, sino por la pila interna del G6, que para mas inri va soldada. Cuando dejes la consola boca arriba procura que el botón que lleva incorporado el flash cart no se quede pulsado, o bien lo limas o bien pones la consola en una superficie elevada dejando el botón en el aire (no te recomiendo que la dejes boca abajo porque se raya muchisimo la cubierta superior, te lo digo por experiencia personal). Con eso no deberias tener problemas, al menos hasta que nos aguante la pila, momento en el que nos tendremos que armar de valor y cambiarsela, o pedirselo a alguien que sepa soldar / desoldar.
Si utilizas el G6 Disk Manager 2.0 no tendrás ningún problema con ningún backup exceptuando el Pokemon Dash (este no graba) y backups mas o menos actuales, como el DBZ Supersonic Warriors que no parece que cargue. Yo tengo el G6 desde hace un par de meses y siempre me ha grabado a la perfección, con todos los loaders desde el 1.32.
Espero haberte ayudado un poco, saludos.