Creo que el fichero a sustituir es urazelda.n64 o zelda2p.n64 dependiendo del "emulador" que uses. Recalco lo de creo, porque no lo tengo a mano para comprobarlo. En cualquier caso, no era tgf seguro, sino algo como .n64 o .v64 o similar. Juraría como ya he dicho que era urazelda.n64 o zelda2p.n64 dependiendo del emu.
Pero si quieres un consejo, yo que tu buscaba un poco por ahí la versión de mario64 que circula ya hecha, puesto que tendrás opción para guardar partida. Haciendolo manualmente tú, no estoy seguro de que te funcione el guardado, ya que en algunos sitios he leido que la rom esta modificada para que así sea, y en otros que en realidad depende de la versión de rom que uses.
Suerte en cualquier caso