Depende qué tipo de "nube" quieras crear, si es algo más "vistoso" con su interfaz gráfica y aplicaciones y utilidad de sincronización, lo suyo sería usar Owncloud aunque más que un programa es una herramienta que debe instalarse a modo de servidor web y todo eso. Si lo que buscas es simplemente poder descargar y subir archivos por internet, te podría bastar con crear un servidor FTP, y para ello hay varios programas y formas de hacerlo.