Actualizo!!!
Si usas el GCOS v3 te carga la partida de tu memory card.
Pero si usas el GCOSv4 (DVD9 version) este último trae un Bug que no reconoce bien tu Memory Card y tendras que empesar desde cero en una nueva partida.
Nota1:Si creas una partida con el GCOSv4 (DVD9 version) en modo MultiISO te creara otra partida con el mismo nombre y es totalmente distinta a la que ya tenias.
Nota2: Algunas partidas creadas con el GCOS v4 modo MultiISO son totalmente incompatibles con algunas partidas creadas con el GCOS v3 y viceversa.
Nota3: El GCOS v3 si es compatible con tus partidas (saves) de tu Memory Card.
Así que yo recomiendo por el momento que uses el GCOS v3 si vas crear una MultiISO con el Emulador de Mario 64 dentro.
Cualquiera de las dos versiones las puedes usar "SOLAMENTE" para hacer Swap con tu Disco del Emulador o con cualquier otro y si te respetaran tus partidas anteriores.
Saludos!!!