Por como lo describes parece un problema con el boot, con el orden de inicio de los discos.
Puede ser que se haya desconfigurado de bios (entrando y colocando el orden correcto bastaría, poner el SSD primero)
O puede que se haya desconectado alguno de los cables del disco duro, a veces el sata se desencaja si se ha estado manipulando, o el conector coge holgura, puedes probar otro cable/conector, o también puede ser el otro cable, el de alimentación, aunque menos habitual.
También es posible que se te haya roto el SSD en si..
Tendras que ir mirando cosillas y descartando, saludos!