Es bastante raro lo que pasa. Resulta de que ayer me llegó a casa una cámara deportiva china que me compré, graba los vídeos en MP4, y si los reproduzco en Media Player se ven bien, pero dan microtirones, y si los reproduzco en VLC se ven de lado, estrechos y fatal. Los he probado a reproducir en el ordenador de mi padre que es peor que el mío y se ven perfectamente en VLC y sin tirones ni ralentizaciones ni nada. He probado a subir el rendimiento del ordenador y cosas así y nada.
Pues VLC tiene sus propios codecs internamente, no usa nada que tengas en el PC salvo la posible aceleración por gráfica de h264 si la opción estuviese activada y poco mas. ¿eran la misma versión de VLC?
Silent Assassin
Superviviente
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Hace tiempo que dejé VLC por mpv y encantado. VLC no traga bien con muchos .mkv y ese fue uno de los motivos. El otro es que es un software recargado, enorme y pesado (y su interfaz aun usa Qt4 en vez de Qt5 en GNU/Linux )
Haz lo que te comenta @Brutico prueba mpv y nos cuentas. También lo puedes usar bajo el frontend SMplayer.