El Nero (por ejemplo)trae un comando para formatear el CD pero luego debes introducir los datos grabándolos con el sistema ISO9660 y guardar al final la copia ISO (te lo pregunta al salir de Nero), pues cuando vuelvas a introducir más datos debes darle esa información para que los añada al anterior y puedas ver como va organizado el CD.
También puedes hacer esto mismo con una utilidad (IN Head) que debes instalar y que viene con el Nero, entonces debes formatear con esta utilidad y luego puedes introducir los datos tranquilamente desde el Explorador de Windows como si de un diskette más se tratase.
También el CloneCD, el Easy, y otros traen un comando u orden para formatear el CD regrabable pero luego tienes que trabajar con el programa de grabar que has elegido.
Bueno un saludo y a ver si te vale la orientación.