Puede ser un problema de permisos (tipo los rwx del linux).
El Xcommander te muestra en una columna esos permisos (asi sabras si es ese el problema), y a lo mejor incluso te deja borrar los archivos.
Si no prueba con el boXplorer.
Sobre este tema ya pregunte yo hace muuucho tiempo si existia algun programa tipo chmod para fatX y parece ser q no hay na de na.