Como te han comentado, la primera es la original y la segunda es una reedición. En vgp han sacado de nuevo este juego con la portada original, aunque un poco mas caro.
Basicamente le cambiaron la portada con la salida de Virtue's Last Reward, aprovechando para reponerlo en tiendas y haciendo que fuera similar a la portada del otro juego (para después romper la línea de diseño en el Zero Time Dilemma pero bueno xD)