Buena pregunta, a pesar de lo comentado si el equipo se para por culpa de fallos en el disco, SMART te va a "cantar". Pero aún así, puedes usar la herramienta que todo fabricante de discos proporciona a los clientes para comprobar su correcto funcionamiento, normalmente en forma de imagen ISO (Seagate -> SeaTools, WD -> Lifeguard, etc). No hay alternativa mejor.
Saludos.