La verdad, no conozco dicha aplicación, no obstante, puedes extraer el KV y el Config utilizando el nandpro, o bien desde Xellous (vía su interfaz web) o también con el programa 360 Flash Dump Tool...
Revisa que alomejor no se trate de que tu 360 tenga badblocks que deban ser remapeados (y que por eso al reflashear la nueva imágen te este dando esos problemas al arrancar...)