Yo he tenido una caja internamente igual a esa, la HAF 912 Plus, que cambia el frontal y el laterar, que en mi caso era con rejilla, no con ventana lateral, y como mejor disipaba era colocando el cooler de modo que expulsara el aire caliente por la parte de atrás.
En esa caja lo que ayudaba bastante en cuanto a refrigeración, era instalar un ventilador (con dos no se nota apenas diferencia) en la parte superior, extrayendo aire caliente del interior, preferiblemente lo más cercano verticalmente a donde esté instalado el cooler, que suele ser en el hueco situado en la parte más atrás de la parte superior.
Saludos.