No quites nunca la ventilación, normalmente la ps3 regula los ventuladores segun necesite, por tanto no sabria decirte a que velocidad ponerla, lo que si te recomiendo es que la pongas en vertical, que tenga suficiente espacio por detras, y que no este metida dentro de un mueble, no vuelvas a dejarla sin ventiladores.
Un saludo