creo q a tu amigo le pasa lo mismo que me pasava a mi, que despues de larga experiencia haciendo backups de golpe los saves dejan de funcionar. En mi caso el problema era el siguiente:
tenia una carpeta donde se guardavan los juegos llamada NDS, i otra llamada NDSSAVE para lo de guardar las partidas, entonces si yo queria poner el mario kart lo que hacia era poner el save en la carpeta ndssave i luego creava una carpeta llamada Mario Kart en la cual dentro ponia el backup del juego i esa carpeta la ponia dentro de NDS (todo bien estructuradito). bueno... la question es que esto funcionava, pero a partir de no se que parche los nuevos backups ya no permiten esta configuracion, ahora hay q poner el backup directo en la carpeta NDS sin crear una carpeta intermedia, en este caso la carpeta Maro Kart, i otra cosa que hay, es q antes los backups los creava primero en mi pc i luego los pasava a la targeta, ahora hay q crearlo directamente a la targeta de memoria.
bueno espero q te sirva de algo