bueno, yo le veo varios motivos:
1-En muchos casos la ropa forma una parte importante a la hora de denotar el carácter del propio personaje y nosotros mismos lo asociamos a un atuendo determinado.
2-Por simplicidad. Si es un manga de calidad pensar un atuendo para un personaje no es solo ponerle otra ropa y punto, también hay que hacer que esa ropa encaje con el personaje y hacer eso no es fácil. Además, aparte del latazo de tener que dibujar desde cero otra ropa, tendrían que rediseñar todos los movimientos y estudiar la reacción de dicha ropa (no es lo mismo, por ejemplo, que un personaje femenino lleve pantalones, falda larga, corta, etc). Vamos, que sería bastante complicado para ellos.
3-En realidad lo que pasa es que son unos cacho vagos y pasan directamente de ponerles más ropa (si bien el algunas series, pocas pero algunas sí, lo hacen). Además, así nos es más fácil identificar a los personajes (si hombre, encima lo harán pensando en nosotrosXDXDXDXD).