No sé si más difíciles de programar, pero sí que es cierto que muchos cartuchos de NES, a diferencia de los de Master System, tenían mappers (chips) especiales, lo que también ocurría bastante en SNES y no en MegaDrive.
Además, los cartuchos de SNES solían tener ROMs de más memoria que los de MegaDrive (por ejemplo, 10-12 MB frente a 8 MB, a primeros de los 90), supuestamente debido al mayor espacio de almacenamiento necesario para los gráficos con más colores y los samples de sonido comprimidos característicos de su sistema de sonido.
Por otra parte, no hay que olvidar los elevados royalties que Nintendo cobraba por entonces a cualquier third party que quisiera sacar juegos en sus sistemas.