A mí por experiencia eso me trolleaba cosillas de permisos y tal, lo que yo haría sería lo que dices, dejarla sin formatear, pero no usar la carpeta de usuarios anteriores, sino usar una nueva, y luego copias o mueves las configuraciones que quieras como la del firefox. Por ejemplo, el nombre de usuario si en uno es /home/usuario, pues que en otro sea /home/usuarioapellido o lo que veas. O en su defecto renombras la carpeta del sistema viejo antes de instalar el nuevo.