Claro que sí, en Wii U han retirado algunos juegos de la eShop, pero quien los compró los puede volver a descargar cuando quiera.
Ahora, lo que me extrañaría más que otra cosa es que quitaran juegos de la eShop de Switch, ¿para qué querrían las compañías hacer eso? Al tener una única eShop (region free) y mayor número de usuarios lo veo improbable.
Pero sí, si entras en tu perfil ves perfectamente los juegos que has comprado.