La GPU solo sirve para un tipo determinado de aplicaciones,
que usen muchisimo paralelismo, y que el flujo de control en todos los elementos sea el mismo, basicamente sirve para machacar datos, es muy buena haciendo cosas como aplicar la misma funcion matematica a miles de elementos.
un kernel de linux en la gpu? ni de cona, no se puede en parte por lo que he dicho arriba, y otras muchisimas razones.
acelerar ciertas partes del kernel?, cosas muy especificas igual se puede hacer algo, pero de momento no se puede llamar a la gpu dentro de modulos del kernel.