¿El Super Metroid tuvo una edición especial con caja grande? No tenía ni idea de ello, pero me parece a mi que en España no se prodigó mucho. De hecho yo sólo tengo la revista con mapas que me mandó el club Nintendo.
Y en cuanto a la pregunta, si, el tamaño se debe a los complementos que venían con los juegos, estilo rumble pack, transfer pack, o guías de pistas. Lo que si es curioso es que hubo una edición de Donkey Kong 64 con expansion pack de "regalo", y el juego no tuvo edición en caja grande.
Desde luego, en mi opinión, en algunos casos sobraba caja por un tubo (Ej: Lylat Wars)