EL HDD LED refleja la actividad de todas las unidades de disco.
Mala suerte si esa caja la tiene de color rojo (otras lo tienen en ámbar, verde, blanco, azul...), pero en todas sirve para lo mismo.
Si te molesta, puedes desconectarlo de la placa base y santas pascuas, pero como no deja de ser un interfaz al fin y al cabo, no lo recomendaría.
Mejor ignora el tema.