Duda: ¿cual es tu miedo?
El MDS es solo un descriptor del medio a grabar dandole algunas instrucciones extra sobre el contenido y como se graba. SI eres curioso te abras dado cuenta que solo ocupa unos cuantos kb, pues solo es un texto con las instrucciones y descripciones comentadas que se aplicaran cuando se grabe el ISO.
No se si alguna vez has usado imagenes de disco Cue/Bin, el archivo Cue se le llama Cue-Sheet y describe el tipo de disco -datos, audio, Mixto,etc- y el archivo Bin es el archivo de la Imagen del disco en formato binario tal cual sin ningun formato especial -es el lenguaje binario en estado puro-. El archivo Cue lo usa el programa de grabacion para saber como hace el volcado del archivo Bin al grabador. Los archivos ISO, los NRG y otros llevan incrustados dentro estas especificaciones e instrucciones.
No debes de temer si usas uno u otro esto no perjudica a la consola, lo que si es de revisar es el usar discos de buena calidad.