Por ahora nintendo nos hace creer que no tiene metodos para poder detectar eso (ni chips, ni gente que utilize homebrew channel u otros metodos de carga de backups via softmod), no se sabe si los tendran o no, lo unico visible que por ahora han podido hacer, es banear a chetos (gente que usan trucos) en el online de algunos de los juegos mas desacados (mario kart, ssbb, etc...) y supongo que en los que no son tan descatado pues tambien.
Si me equivoco que me corrijan. Los backups no son juegos que tu te descargas gratis, los grabas y juegas con ellos sin haber pagado por el original, los backups con copias de seguridad de los juegos que en el caso de que el juego dejara de funcionar o quieras mantenerlo en buen estado, puedes utilizar por que esta "legalmente permitido", que no es po decir que seas un piratilla, pero en el modo en el que lo has dicho has dado a entender algo parecido.
Saludos