Puede deberse a muchas cosas. Por ejemplo la comprobacion de la version del firmware no debe ser solo cambiar una cadena que ponga 2.41 a 2.5, el sistema tendra otra forma de comprobarlo y lo que se esta cambiando es solo el nombre que muestra. Si por ejemplo el numero real de la version esta en una parte del archivo y este esta cifrado no puedes verlo ni modificarlo. La PS3 primero mira que el nombre es de una version superior e inicia el proceso, descomprime y descifra, entonces comprueba que le estan dando gato por liebre y dice nanai. Otra cosa es que cargue contenido sin firmar y contenido firmado, pero no se yo de contenido con una firma invalida. Suposiciones, pero no creo que salte la liebre con algo tan simple.
La verdad es que para instalar un cfw solo veo dos opciones, una es un instalador hecho por la scene y que se ejecute como aplicacion o payload en 2.41-, o reversar el proceso de instalacion oficial y sacar las claves y poder cifrar y firmar como estan intentando pero lo veo jodido si se trata de un cifrado asimetrico, a no ser que encuentren un bug en el instalador y lo exploiteen, tambien dificil, pero seria la unica opcion para instalar un cfw para los que tienen 4.42+.