Creo que hay un hilo oficial de ese flashcard, donde deberias plantear esas dudas pero te voy a responder a lo que yo se.
1) El firmware del sky3ds+ es totalmente independiente de firmware de la consola
2) La ultima version de firmware de la consola es 11.8 solo con ese podras acceder a la eshop o a los servicios en linea
3) Si actualizas a 11.8 tu firmware es original y limpio.
4) Si usas roms con cabeceras publicas con el sky3ds+ tienes posibilidad de baneo
5) Personalmente me parece mejor sistema pasarte a un CFW que usar un flashcard