Aunque uso Fedora, he probado tambien Ubuntu y... bueno, mas o menos te ofrecen lo mismo. Quizas Ubuntu es un peliiiin mas rapido y Fedora te da paquetes mas actualizados.
Las dos distros tienen fines distintos, Ubuntu va a ser un escritorio Linux usando soft. no libre si hace falta, Fedora un escritorio unicamente con soft. libre (aunque puedes añadir RPMs adicionales a traves de webs secundarias como Livna o Freshrpms).
En mi opinion, tira a por la distro que mas simpatia te genere.