El directorio /home contiene los directorios personales de cada usuario. Es decir, dentro de /home (que puede ser una particion aparte o ser la misma particion que /), tienes una carpeta con tu nombre de usuario, que contiene (o deberia contener) tus datos (mp3, videos, fotos, textos...), junto con archivos y directorios ocultos (comienzan por .), donde se guardan las configuraciones de usuario de los programas, para tu usuario (no las configuraciones de sistema de las cosas, que suelen ir en /etc
los programas como tal no van en /home/tusuario, solo las configuraciones de los mismos, relativas a tu usuario