me estás diciendo que no sabes montarte un servidor SSH y hacerlo accesible y que quieres usarlo? me parece bastante extraño, pero bueno, igual si que eres un gurú de la terminal y flojísimo en configuración del NAT del router xd.
Servidores SSH para windows: Te recomiendo FreeSSH.
Config del router. Entras en el server web del router (poniendo la ip de la puerta de enlace de tu windows en el navegador). Buscas algo como "port forwarding" o algo similar dentro de la config. del NAT. Abres puerto deseado para la IP que gustes.
Luego averiguas tu ip publica con cualquier web de estas de "cual es mi ip". Con el otro equipo con linux vas a la terimnal y usas el SSH hacia esa ip con las credenciales que hayas elegido.
Cliente de mensajería: No has especificado protocolo así que interpretaré que se trata de MSN por que has citado aMSN. en ese caso supongo que podría interesarte "emesene".
Suerte e intenta especificar algo mas los títulos de post