En bsnes, en juegos tipo Gradius III, es normal que pase, porque el emulador esta tratando de trabajar fielmente como lo hace una consola de snes real.
Esas ralentizaciones, son parte de la historia de esa consola, y por ende, asi era como funcionaba. Ahora, con los demas emuladores que haz mencionado que trabajan mayormente en HLE, esas ralentizaciones, pueda ser que sea, o bien, emulacion incompleta aun de ese sistema o sencillamente tu pc no tiene las capacidades para mover bien esos emuladores.
Nota: Intenta aumentar un poco el buffer del audio o cambiar el backend del mismo. Aveces por ahi puede venir ese problema tambien.