Si utilizas la opción que te da la consola no tendrás problemas cuando realices el downgrade de la misma para restaurarlo todo (yo mismo lo he comprobado). Eso si, las cosas que hallas comprado en PSN estarán "desactivadas" te pedirá que inicies sesión y actives la consola, algo que en 3.55 no se puede.
Pero que vamos lo que es restaurar la copia no tendrás problema siempre que sea la misma consola, si no lo es la misma consola se restablecerán vídeos, musca, fotos y alguna save pero nada mas.
Saludos