Claro que se puede instalar WADs, el problema viene que si instalas muchos se comerá literalmente la memoria interna dependiendo del juego que sea, los de WiiWare ocupan entorno 200-300 bloques. Si son canales de loaders entonces no es problema porque no suelen ocupar mucho.
Y creo que USB Loader GX es el único compatible con Wii Mini, no sé si los otros loaders lo son también, así que puedes instalar el forwarder de Wii sin problema. Simplemente colócalo en la carpeta apps del USB y ya debería de cargarse.