Los discos duros no son "C:" ni "E:", son disco IDE primario maestro, disco IDE primario esclavo, disco IDE secundario maestro, disco IDE secundario esclavo. Luego estan los SATA.
Lo de "C:", etc, son cosas de windows. Puedes tener un disco duro y tener en el una "C:", "D:", "E:" y asi un monton de "letras", si lo tienes con varias particiones...
Y sobre lo que he medio-entendido de tu duda, Ubuntu puede instalar el cargador de arranque, con selector de SO, en cualquier disco duro.