Bueno, aunque o tmabién me estoy "iniciando" en esto, trataré de ayudarte cuanto pueda:
1)
El Hw cuanto más estándar mejor, porque así te garantizas casi al 100% el soporte en Linux. Yo no creo que con ese equipo vayas a tener problemas.
2)
Hombre, el HDD de 60 supongo que si es el Master tendrá que alterarse si no quieres tener que usar un disquete cada vez que quieras arrancar el Linux (aunque, según lo veas, puede tener sus ventajas), porque ahí es donde te instalará el gestor de arranque (tópicamente LILO) si no quieres tocar el MBR del HDD principal.
Otra cosa que puedes hacer es, cuando el instalador te pregunte, poner una partición /boot mínima en el HDD principal para que te arranque el Linux, que tendrías puesto en el secundario, cuando quieras arrancarlo sin tener que meterte en el fdisk a cambiar el HDD activo (porque creo que los gestores de arranque no te permiten elegir el HDD desde el que arrancar, sólo la partición dentro del HDD activo).
3)
Si tienes el XP con FAT32, entonces desde Linux puedes ver los archivos de Windows, pero desde Windows creo que no puedes ver los de Linux.
4)
Cuanto más moderno sea el Hw que tienes, más convniente es bajarse la última versión de la distro que sea para garantizarte el soporte "de fábrica" de la mayor cantidad de componentes en vez de tener que buscar drivers y demás.
Un saludo