Mas bien "en la PS2 SLIM", la PS2 FAT tiene dos sistemas minimos, el de PSX que sirve precisamente para cargar los juegos de PSX/PSOne y el de la PS2 para juegos y software de la PS2, ambos sistemas minimos comparten el acceso a los puertos de mandos, de la MC, el acceso a la RAM, al sistema de sonido y de video. En la PS2 Slim se elimino el sistema minimo de la PSX, con lo que la compatibilidad de juegos PSX se hace mediante emulacion. Por sistema minimo me refiero a los circuitos y chips basicos de CPU y controlador de memoria y por emulacion a un software que crea una maquina virtual.
Con la PS2 FAT se puede usar sistemas como Free-MCBoot para correr juegos y software de PS2 sin necesidad de modificar la consola con MODChips -vulgarmente conocidos solo como "chips"- ni hacer CogSwap, y si se consigue el adaptador de red compatible con HDLoader mucho mejor, ya que se podra usar un disco duro IDE/EIDE estandar de PC de escritorio para cargar los juegos y software de PS2 mas rapido y mas eficientemente.
Con la PS2 Slim ya es mejor usar algun MODChip, aunque igual se puede usar un disco duro externo en gabinete USB, pero la compatibilidad de juegos es mas reducida con este disco externo y hay que tener un gabinete USB compatible con el controlador USB de la consola.