Neo Geo CD:
Esta consola apenas tiene proteccion para cargar back-ups, puedes copiar tus juegos originales en CDR y deberian funcionar, pero los ultimos juegos pueden necesitar ser parcheados para que funcionen sin colgarse.
La Neo Geo CD, como todas las neo geo, no tiene proteccion de region. Cualquier juego va en cualquier consola. Lo que pasa es que la region del juego (que afectara el idioma y la censura) lo marca la consola, y no el juego. Y si quieres puedes modificar la region de tu consola como dice FF6. Hay unos jumpers para la region (USA, Europa o Japon), una resitencia para PAL/NTSC, y otro jumper para 50/60 Hz. Aqui un tutorial:
http://www.nickthfury.com/neogeo/cdmods.htm
Poquitos juegos de NGCD se pueden considerar "carisimos", los unicos quiza serian los Metal Slug, el Ironclad y alguno mas.
Mega CD:
En cuanto al MegaCD, tampoco tiene proteccion contra copias, cualquier juego en CDR deberia funcionar. En cambio sí que tiene proteccion de region. Para solventarla se puede usar un cartucho adaptador o parchear los CDr, o cambiarle la bios al megacd.
Con los juegos de megadrive en cartucho pasa algo parecido, los juegos japoneses necesitan un adaptador ya que no encajan en la ranura de una megadrive PAL (no se si simplemente ensanchando la ranura sirven). Los juegos americanos antiguos si que funcionan en una PAL, pero los mas recientes llevaban una proteccion y no iban. Para solventarlo, hay adaptadores de cartuchos, o si no se puede modificar internamente la Megadrive de un modo parecido a la NGCD.
Ten en cuenta que la megadrive se puede cambiar de region internamente solo cambiando jumpers, pero en el MegaCD solo es posible con un cambio de bios, por tanto creo que si cambias tu Megadrive a region USA pero tienes un MegaCD PAL, entonces no te ira. Por eso es mejor meterle palancas a la Megadrive, porque cambiarle la bios al MegaCD es bastante complicado.