Como no sé japonés, lo único que te puedo decir es que los personajes de iguales komas pero diferente forma sirven para (y no te lo esperas) ¡organizar diferente la baraja!
No siempre te va a entrar un Naruto de 4 komas en forma de "I", pero igual si uno de cuatro en forma de cuadrado. Incluso creo que tienen la misma vida. Pero bueno, como te digo, no sé japonés, así que el tema de los ataques y la descripción te lo debo.
Los komas de un koma (yay), además de dar "bonus" si están con un personaje relacionado (el brillo que les sale si los juntas), dan otros "extras", como puede ser recuperar vida más rápido si está inactivo el personaje, darte una barra de especial gratis si muere, etc. Por eso necesitas poner una flecha que indique a quién le da el "bonus". En GameFAQs, en el único FAQ completo que hay, tienen una guía con las características de cada koma individual y qué bonificaciones dan.
Saludos.