Significa que la sentencia, publicación, etc., que faculta esa subida salarial, independientemente de la fecha en que se da a conocer, tiene efectos desde otra fecha concreta anterior.
Ejemplo: pongamos el convenio colectivo de industrias cárnicas. En febrero de este año se publican las tablas salariales definitivas correspondientes al año 2008, y en ellas se contempla una subida X de las remuneraciones a los trabajadores. Esto significa que a los trabajadores se les ha pagado durante el año 2008 una cantidad Y, cuando tenía que haber sido Y+X.
Hasta aquí correcto, supongo. Pues bien, si las tablas se publican este mes de febrero de 2008, las empresas tienen un mes para pagar los atrasos correspondientes a sus trabajadores. Es decir, en la nómina de marzo, a más tardar, tienen que pagar (y cotizar a la Seguridad Social), todas las diferencias dejadas de pagar durante el año 2008.
Muchas empresas evitan estos "palos" de repente, metiendo en las nóminas un "plus a cuenta de convenio" para minimizar estas diferencias. También puede ocurrir, como este año, que el IPC ha estado por debajo de lo previsto, y ahora tienen que descontar el exceso de ese plus.