Si usas loadiine (no tan recomendado) puedes colocar tus backups en la microsd, en formato descomprimido.
Si usas Wupinstaller (recomendado) debes poner tu backup en formato wup instalable en la microsd; y luego lo instalas en tu disco duro externo o en la memoria de la wii u; es lo mas comodo y compatible; con online y todo.
La capacidad maxima es de 2Tb; pero ojo, que la wii u formatea el disco duro para ser usado unicamente en la wii u; no podras usarlo en otro aparato, tampoco se pueden hacer particiones.
Los backups de Gamecube pueden ir en la microsd (formato iso) o en el disco duro, en formato instalable.
Los backups de Wii pueden ir en la microsd usando Wiiflow, o tambien pueden ir en el mismo disco duro de Wii u en formato instalable.