Desde HDLoader no lo vas a poder instalar, creo recordar que la ruta de instalación apunta al lector de la ps2. Si se pudiera modificar la ruta para que buscara en el HD tal vez se podría hacer algo.
En cuanto a instalar el HDLoader y PS2Linux, al instalar Linux formatea todo el disco duro. La única forma sería instalar PS2Linux, copiar los archivos de instalación al disco duro del PC, instalar HDloader y a continuación pasar los archivos de linux a una partición del HDLoader.
Os dejo una guía paso a paso en inglés
SALU2