A dia de hoy si se le puede poner hombrew a cualquier WiiU.
Para los backups de GC, te aconsejo Nintendont. Podras jugar con varios mandos incluido el mando pro de WiiU.
Emulador de N64 si hay, pero yo no lo he probado.
Siempre que puedas te aconsejaria wiimotes oficiales, pero algunos clonicos no van para nada mal.
De momento, y creo que permanentemente, no hay problema por actualizar la consola ya que el modo Wii no se actualiza. Al menos no lo han hecho de momento.