No se va a comer windows solo, los instaladores hacen lo que tú le dices.
Lo más sencillo es dejar un espacio libre (sin particionar) y decirle al instalador que use ese espacio automáticamente (eso depende del instalador, los de distribuciones sencillas tienen esa opción). Si no, siempre puedes usar el particionado manual.
Si lo que quieres es saber cómo se hacen particiones desde partition magic, esto va en PC -> General ya que no es software libre.
Desde linux, las particiones se nombran por orden, sdXY (o hdXY) siendo X la letra de disco duro (empezando desde la 'a') e Y el número de partición (empezando desde el 0). Por ejemplo, sdb2 es la tercera partición (2) del segundo disco duro (b). También te puedes fijar en el tamaño que le pones a cada partición, para asegurar.
